Brenndorf (rumänisch Bod, ungarisch Botfalu) wird 1386 in einem Prozess des Gräfen „Jacobus de Bathfalva“ gegen die Dorfbewohner erstmals urkundlich erwähnt. Eine romanische Basilika mit einem Glockenturm wird schon im 13. Jahrhundert in Brenndorf gebaut. Die dem Heiligen Nikolaus geweihte Kirche hat im Laufe der Jahrhunderte ein wechselhaftes Schicksal. 

1456 wird die Kirche durch einen Brand schwer beschädigt und 1477 neu getäfelt. 1710 wird die Kirche renoviert.

1790 stürzt der Glockenturm durch ein Erdbeben ein. Der stark beschädigte Turm wird zum Großteil abgetragen und 1799 – unter Beibehaltung des Fundamentes und des untersten Stockwerkes – in der heutigen Form neu aufgebaut.

1800 stellen die Brenndörfer eine neue Uhr von Josef Dorer auf.

1802 wird die Kirche durch ein verheerendes Erdbeben zerstört. Die ganze Kirche, vom Glockenturm bis an den Chor, samt Dachstuhl, Gewölbe und den beiden Seitenmauern, stürzt ein. Orgel, Kanzel und alle Einrichtungsgegenstände in der Kirche werden unter dem Schutt begraben. Das siebenbürgische Gubernium erteilt 1803 der Kirchengemeinde Brenndorf eine Bewilligung zur Spendensammlung für den neuen Kirchenbau. Am 7. Mai 1804 beginnen die Arbeiten zum Neubau der Kirche, am 26. Oktober 1806 wird sie eingeweiht.

Die 1804-1806 errichtete neue Kirche ist eine Saalkirche mit eingezogenem Chor, flacher Stuckdecke und zwei Emporen. Das Chor ist 11 m lang und 9,10 m breit, das Schiff hat eine Länge von 24 m und eine Breite von 11,6 m. Die Gesamtlänge der Kirche beträgt 42,80 m, ihre Breite 11,60 m und innere Höhe 8,52 m. Die Kirche hat drei Portale und 18 Fenster. Das gotische Hauptportal an der Westseite ist, neben dem Taufstein und etlichen Teppichen, als einzige Erinnerung an die alte Nikolauskirche erhalten geblieben.

1976 wird die Kirche einer Generalreparatur unterzogen.

Am 4. März 1977 wirde sie durch ein Erdbeben so heftig erschüttert, dass mehrere Minuten die Glocken läuten und zwei kleine Glocken herunterfallen. Kirche und Turm bekommen tiefe Risse und durchgehende Sprünge. Durch das Einziehen von Stahlankern in die bis zu drei Meter dicken Mauern wird der stark beschädigte Turm entsprechend konsolidiert. Bei der Gesamtreparatur werden auch das Kircheninnere und Einrichtungsgegenstände teilweise erneuert. Dank der Spenden aus dem In- und Ausland sowie des Einsatzes der Brenndörfer Gemeindeglieder kann die renovierte Kirche schon am 6. November 1977 von Bischof D. Albert Klein wieder eingeweiht werden.

Durch ein Erdbeben im Mai 1990 wird die Kirche erneut beschädigt, tiefe Risse an den Mauern und Fensterbogen werden sichtbar.

2000 wird die Kirche für Gottesdienste gesperrt. 

2013-2017 wird die Kirche mit Kirchturm außen und innen renoviert. Die Umfriedungsmauer, welche auf den Fundamenten der alten Ringmauer der ehemaligen Kirchenburg steht, wird neu verputzt und neu gedeckt. Der Kirchhof erhält eine Abflussrinne in die Schulgasse. Die Arbeiten werden mit Mitteln der Deutschen Bundesregierung über die Beauftragten für Kultur und Medien durchgeführt. Eine entsprechende Tafel am Kirchturm legt davon Zeugnis ab.

2018 werden die Glocken mit einem automatischen Geläute versehen.

2020 beginnen die Restaurierungsarbeiten am gotischen Westportal der alten Nikolauskirche.

2022 wird die Kirche mit Rauchmeldern ausgestattet.